EkoConnect si je pri svojem delovanju zastavil predvsem naslednje cilje:

• podpirati in povezovati akterje in dejavnosti na področju trajnostnega razvoja ekološkega kmetovanja v Srednji in Vzhodni Evropi ter jim svetovati,
• krepiti razvoj podeželja,
• spodbujati dostopnost in trženje ekoloških pridelkov in živil,
• spodbujati sodelovanje znotraj držav Srednje in Vzhodne Evrope ter sodelovanje med njimi in z Zahodno Evropo ter
• vzpostaviti prostor za srečevanje tovrstnih akterjev iz vse Evrope.