EkoConnect w swojej pracy postawił sobie w szczególności następujące cele:
- wspieranie i tworzenia połączeń pomiędzy uczestnikami i inicjatywami dla długotrwałego rozwoju rolnictwa ekologicznego w Środkowej i Wschodniej Europiee
- umocnienie rozwoju obszarów wiejskich
- wspieranie dostępności i zbytu wytworzonych produktów ekologicznych i artykułów spożywczych
- wspieranie współpracy w kraju i pomiędzy krajami Środkowej i Wschodniej oraz Zachodniej Europy
- stworzenie pomostu dla spotkań uczestników z całej Europy